В 2016 году и. о. ректора НАУ Владимира Харченко правоохранители поймали на рекордной для сферы образования взятке в 170 тыс. евро.Скандал тогда дошел до главы государства, и об успешной операции по задержанию взяточника рапортовал лично пресс-секретарь на тот момент президента Петра Порошенко Святослав Цеголко. Казалось бы, после такого у Харченко не было шансов вернуться к работе, а в Национальном авиационном университете не должно было бы остаться ни единого желающего даже думать о незаконном обогащении.Впрочем, на деле, все случилось иначе.
Назначенный экс-министром образования Сергеем Квитом бывший руководитель НАУ Владиимир Исаенко в скором времени вернул Харченко в университет проректором по научной работе, а сам стал фактически "последователем" своего коллеги по части совершения различных незаконных деяний.
В конце прошлого года, Минобразование досрочно расторгло контракт с экс-ректором Национального авиационного университета, констатировав, что при Исаенко образовательные программы вуза не соответствовали требованием, в НАУ была полностью разрушена система противопожарной безопасности, имели место факты незаконных увольнений сотрудников, коррупции, а также, бюджету университета – нанесены миллионные убытки.
Все озвученные обвинения Исаенко публично опровергал. На личной странице в Фейсбук он заявлял о политических репрессиях, о том, что не покорится давлению и обязательно "здолає ворога". Возможно находились те, кто верил этим высокопарным фразам, но ровно до тех пор, пока каждое обвинение в адрес Исаенка не легло в основу уголовного производство, а сам он не начал скрываться от правоохранительных органов.
23 февраля 2021 года Министерство внутренних дел Украины (МВД) объявило экс-ректора НАУ в розыск как лицо, скрывающееся от органов досудебного расследования. Первое преступление в котором уже официально обвинили Исаенко касается незаконного увольнении сотрудников университета.
Оказалось, что он увольнял преподавателей "пачками", после чего люди обращались в суды и добивались постановления своих трудовых прав. Поскольку теперь Национальный авиационный университет обязан выплатить пострадавшим 893 686,63 грн, то эта сумма считается нанесенным со стороны Исаенко убытком государственному бюджету. Компенсировать ее самостоятельно экс-ректор не желает. Поэтому, в рамках уголовного производства, все имущество Исаенко (а это: два земельных участка, гаражи, две квартиры в Киев и три загородных дома) было арестовано. Указанное уголовное производство уже передано в суд, но на первое заседания экс-ректор, обещавшей "побороти всіх ворогів" ожидаемо не явился.
Накануне в доме Исаенко, следователи ГБ провели обыски. Чтобы пообщаться с обвиняемым и вручить ему процессуальные документы (подозрение) правоохранителям пришлось вызывать подмогу. Исаенко отказался открывать дверь, поэтому ее "отворяли" с помощью сварочных аппаратов. Когда следователи таки вошли в квартиру, Исаенко лежал на кровати, притворившись спящим.